El Curso de Maestría en Zoología fue creado en 1985, por medio de un convenio firmado entre la Universidad Federal de Pará (UFPA) y el Museo Paraense Emilio Goeldi (MPEG), para el establecimiento de un Curso de Posgrado en Ciencias Biológicas en el Estado de Pará. En 1991, el nombre del curso fue modificado para Programa de Posgrado en Ciencias Biológicas, incluyendo las siguientes áreas de concentración: Zoología, Genética y Biología Molecular, Neurociencias, Biología Ambiental y Biología de Agentes Infecciosos y Parasitarios. Una evaluación hecha por la CAPES en 1994, recomendó la fisión del Programa de Posgrado en Ciencias Biológicas en cursos más específicos. Así, el Curso de Maestría en Zoología fue reestructurado en 1995, siendo recomendado como curso nuevo por el CAPES a partir de 1996.
En diciembre de 1999, fue aprobado por el CAPES, el curso de doctorado en Zoología. A partir de enero del 2000, los cursos de Maestría y Doctorado pasaron a ser parte del Programa de posgrado en Zoología.
Desde su creación, el Programa de Posgrado en Zoología del Convenio Universidad Federal de Pará y Museo Paraense Emilio Goeldi contaron con los siguientes coordinadores:
1996 a 1997: Dr. José Maria Cardoso (Coordenador) MPEG
1997 a 2002: Dra. Ana Harada (Coordenadora) MPEG
2002 a 2004: Dra. Maria Cristina Espósito (Coordinadora) UFPA y Dra. Marlúcia Bonifácio Martins (Vicecoordinadora) MPEG
2004 a 2006: Dra. Teresa Cristina Saúer de Ávila Pires (Coordinadora) MPEG y Dra. Maria Cristina Espósito (Vicecoordinadora) UFPA
2006 a 2008: Dr. José Antonio Marin Fernandes (Coordinador) UFPA y Dra. Teresa Cristina Sauer de Ávila Pires (Vicecoordinadora) MPEG
2008 a 2010: Dra. Maria Cristina dos Santos Costa (Coordinadora) UFPA e Dra. Ana Lúcia da Costa Prudente (Vicecoordinadora) MPEG
2010 a 2012: Dra. Ana Lúcia da Costa Prudente (Coordinadora) MPEG y Dr. Luciano Fogaça de Assis Montag (Vicecoordinador) UFPA
2012 a 2014: Dr. Luciano Fogaça de Assis Montag (Coordinador) UFPA e Alexandre Bragio Bonaldo (Vicecoordenador) MPEG
2014 a 2016: Dr. Alexandre Bragio Bonaldo (Coordinador) MPEG e Dr. Leandro Juen (Vicecoordinadora) UFPA
2016 a 2018: Dr. Leandro Juen (Coordinador) UFPA y Dr. Marcos Pérsio Dantas Santos (Vicecoordenador) UFPA.
Actualmente el Programa tiene como objetivo ampliar y profundizar conocimientos pluralistas y desarrollar la creatividad en las áreas científica y tecnológicas, conduciendo a la obtención del grado académico de Master y Doctor en Zoología; generar conocimiento sobre la biodiversidad animal; formar recursos humanos para atender las demandas regionales y nacionales de enseñanza, investigación científica y desenvolvimiento. Para ello, está constituido por dos Áreas de Concentración: Evolución y Biodiversidad y Conservación. La estructuración del Área de Evolución se da a partir de dos Líneas de Investigación: Sistemática y Taxonomía; y Biogeografía y Filogeografía. En el caso del Área de Biodiversidad y Conservación, las Líneas de Investigación que la constituyen son: Zoología aplicada y Ecología animal.