O Curso de Mestrado em Zoologia foi criado em 1985, por meio de um convênio firmado entre a Universidade Federal do Pará (UFPA) e o Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG), para o estabelecimento de um Curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas no Estado do Pará. Em 1991, o nome do curso foi modificado para Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas, incluindo as seguintes áreas de concentrações: Zoologia, Genética e Biologia Molecular, Neurociências, Biologia Ambiental e Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Uma avaliação feita pela CAPES em 1994, recomendou a fissão do Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas em cursos mais específicos. Assim, o Curso de Mestrado em Zoologia foi reestruturado em 1995, sendo recomendado como curso novo pela CAPES a partir de 1996.
Em dezembro de 1999, foi aprovado pela CAPES, o curso de doutorado em Zoologia. A partir de janeiro de 2000, os cursos de Mestrado e Doutorado passaram a compor o Programa de Pós-graduação em Zoologia.
Desde a sua criação o Programa de Pós-Graduação em Zoologia do Convênio Universidade Federal do Pará e Museu Paraense Emílio Goeldi contaram com os seguintes coordenadores:
1996 a 1997: Dr. José Maria Cardoso (Coordenador) MPEG
1997 a 2002: Dra. Ana Harada (Coordenadora) MPEG
2002 a 2004: Dra. Maria Cristina Espósito (Coordenadora) UFPA e Dra. Marlúcia Bonifácio Martins (Vice-Coordenadora) MPEG
2004 a 2006: Dra. Teresa Cristina Saúer de Ávila Pires (Coordenadora) MPEG e Dra. Maria Cristina Espósito (Vice- Coordenadora) UFPA
2006 a 2008: Dr. José Antonio Marin Fernandes (Coordenador) UFPA e Dra. Teresa Cristina Sauer de Ávila Pires (Vice-Coordenadora) MPEG
2008 a 2010: Dra. Maria Cristina dos Santos Costa (Coordenadora) UFPA e Dra. Ana Lúcia da Costa Prudente (Vice-Coordenadora) MPEG
2010 a 2012: Dra. Ana Lúcia da Costa Prudente (Coordenadora) MPEG e Dr. Luciano Fogaça de Assis Montag (Vice-coordenador) UFPA
2012 a 2014: Dr. Luciano Fogaça de Assis Montag (Coordenador) UFPA e Alexandre Bragio Bonaldo (Vice-coordenador) MPEG
2014 a 2016: Dr. Alexandre Bragio Bonaldo (Coordenador) MPEG e Dr. Leandro Juen (Vice-coordenador) UFPA
2016 a 2018: Dr. Leandro Juen (Coordenador) UFPA e Dr. Marcos Pérsio Dantas Santos ( Vice-coordenador) UFPA
2018 a 2020: Dr. Marcos Pérsio Dantas Santos (Coordenador) UFPA e Dr. Gustavo Rodrigo Sanches Ruiz (Vice-coordenador) UFPA
2020 a 2022: Dr. Gustavo Rodrigo Sanches Ruiz (Coordenador) UFPA e Dra. Ana Lúcia da Costa Prudente (Vice-coordenadora) MPEG
2022 a 2024: Dr. José Antonio Marin Fernandes (Coordenador) UFPA e Dr. Tiago Magalhães da Silva Freitas (Vice-coordenador) UFPA
Atualmente o Programa tem como objetivo ampliar e aprofundar conhecimentos pluralísticos e desenvolver a criatividade nas áreas científica e tecnológica, conduzindo à obtenção do grau acadêmico de Mestre e Doutor em Zoologia; gerar conhecimento sobre a biodiversidade animal; formar recursos humanos para atender as demandas regionais e nacionais de ensino, pesquisa científica e desenvolvimento. Para tanto está constituído por duas Áreas de Concentração: Evolução; e Biodiversidade e Conservação.A estruturação da Área de Evolução se dá a partir de duas Linhas de Pesquisa: Sistemática e taxonomia; e biogeografia e Filogeografia. No caso da Área de Biodiversidade e Conservação as Linhas de Pesquisa constituidora são: Zoologia aplicada e Ecologia animal.